Een boot sector virus is een computer-virus dat de opstartsector op harde schijven en diskettes infecteert, en in theorie ook andere bootable media zoals CD's en DVD's.
Een boot sector virus hoeft de computer van een slachtoffer niet succesvol te starten om deze te infecteren. Hierdoor is het zelfs mogelijk dat niet-bootable media een boot sector virus kunnen verspreiden.
Zodra de geïnfecteerde computer met succes start, blijft het boot sector virus in het geheugen en infecteert het diskettes en andere media wanneer ze beschreven zijn door de geïnfecteerde computer.
Boot sector virussen zijn minder gebruikelijk geworden sinds het gebruik van diskettes is gestopt.
